Međunarodni sud za ratne zločine na području bivše Jugoslavije u Haagu podigao je 2001. optužnicu protiv Ante Gotovine , optužujući ga za planiranje etničkoga čišćenja i ratne zločine. Gotovina je odbio primiti optužnicu te je od podizanja optužnice do uhićenja bio u bijegu na nepoznatom prebivalištu. Nakon višegodišnjeg skrivanja, uhićen je na Kanarskim otocima (Španjolska), 7. prosinca 2005. godine .

Suđenje Anti Gotovini, Mladenu Markaču i Ivanu Čermaku počelo je 11. ožujka 2008. godine . Na svojim prvim pojavljivanjima pred Haškim sudom izjasnili su da se ne osjećaju krivima. Haški sud je nepravomoćnom odlukom u prvostupanjskom procesu 15. travnja 2011. proglasio krivim Antu Gotovinu kao sudionika udruženog zločinačkog pothvata, krivim za djela progona, deportacije, pljačke, razaranja, ubojstva, nečovječna djela i okrutno postupanje, a sud ga je oslobodio odgovornosti za prisilno premještanje.

Određena mu je kazna od 24 godine zatvora .

Dana 16. studenog 2012. general Gotovina je drugostupanjskom (pravomoćnom) presudom oslobođen optužbi i pušten na slobodu.