Dva sata prije nego se avion Spanaira srušio na madridskom aerodromu Barajas jedan od putnika poslao je supruzi SMS s porukom da nešto nije u redu s avionom. Ona ga je tada nazvala i rekla mu da siđe sa zrakoplova, no suprug joj je kazao da ga ne puštaju. Posada aviona rekla mu je da sjedne natrag na svoje mjesto. Pilot aviona, pak, prije leta je upozorio da ima problema s uređajem za usisavanje zraka smještenim ispod kokpita. Uređaj se pregrijavao. Pokazivač vanjske temperature također nije radio, a bilo je i nekih problema s kvarom na motoru.
Neimenovani kontrolor leta rekao je za španjolski El Pais da je isti avion već dva puta ranije bio prizemljen zbog istih problema. Avion su poslali natrag u hangar i sanirali kvar, odnosno isključili uređaj. Glasnogovornik Spanaira kazao je da je takva procedura te da uređaj za usisavanje zraka nije potreban kod polijetanja. Avion su ipak poslali natrag na pistu. Istražitelji su identificirali tijelo pilota Antonia Lune iz Mallorce. Njegove obje ruke su slomljene, što pokazuje da je pilot pokušao kočiti prije nesreće. Obitelj poginulih optužila je Spanair da su unatoč upozorenjima iskusnog pilota pustili pokvareni avion da poleti.
U nesreći je poginulo 153 putnika. Četvero djece spasioci su uspjeli izvući iz zapaljenog zrakoplova. Beba koju su također uspjeli izvući podlegla je ozljedama. Djeca koja su se uspjela spasiti s leta za Las Palmas ostala su siročad.