Dane pred smrt Slobodan Milošević provodio je u svojoj sobi veličine 3 x 4 metara navodno slušajući glazbu Franka Sinatre i gledajući televiziju.
Umro je u svojoj zatvorskoj ćeliji na današnji dan 2006. godine.
Uzrok smrti najvećeg balkanskog krvnika u haškom zatvoru bio je srčani infarkt. Slobodan Milošević imao je u trenutku smrti 65 godina, a godinama je bolovao od hipertrofije srčane pretkomore.
Pronađen je mrtav ujutro u svojoj sobi koja se nalazila u poznatom zatvoru u haškoj četvrti Scheveningen.
Njegovi posmrtni ostaci dopremljeni su iz Haga u Beograd četiri dana poslije smrti, da bi njegovo tijelo 16. ožujka bilo izloženo u hodniku zgrade Muzeja "25. maj" u okviru muzejskog kompleksa na Dedinju.
Istog dana više desetaka tisuća njegovih pristalica okupilo se ispred nekadašnje Savezne Skupštine u centru Beograda, gdje je bio organiziran ispraćaj.
Pokopan u dvorištu ispod stare lipe
Gradske i državne vlasti nisu dale dozvole, koje je tražila obitelj i članovi Socijalističke partije Srbije, da se sahrani u Beogradu uz državne počasti. Postojala su nagađanja da će biti pokopan u Moskvi, no pokopan je 18.ožujka. u rodnom Požarevcu u Srbiji, u dvorištu obiteljske kuće svoje supruge Mirjane Marković ispod stare lipe.
Pokop je obavljen u sumrak usprkos običajima da se tijelo ukopa prije nego se smrkne. Također, nije bilo vjerskog obreda, iako je bilo najavljeno da će pokop biti objavljen po pravoslavnom obredu. Orkestar je svirao ruske pesme "Rjabinuška" i "Podmoskovske večeri".
Nitko od članova najuže obitelji nije bio prisutan jer, kako su naveli, nisu dobili dovoljne garancije za svoju sigurnost. Poruke njegove supruge Mire Marković i sina Marka Miloševića pročitali su Bogoljub Bjelica iz Socijalističke partije Srbije, i Ljiljana Milanović, urednica Informativnog programa Radio-televizije Srbije u vrijeme Miloševićevog režima.
Na sprovodu je bio i predsjednik Komunističke partije Rusije Gennady Zyuganov, bivši američki ministar pravosuđa Ramsay Clark, general Leonid Ivashov i tadašnji zamjenik predsjednika Srpske radikalne stranke Tomislav Nikolić.
Vučić mu držao počasnu stražu
Jedan od onih koji su mu držali počasnu stražu pored njegovog odra je i sadašnji srpski premijer Aleksandar Vučić. On je tad pročitao oproštajnu poruku predsjednika Srpske radikalne stranke Vojislava Šešelja (koji se nalazio u Haagu) bivšem predsjedniku Srbije i Savezne Republike Jugoslavije.
- Svi danas znamo tko te je ubio. To su oni koji nisu mogli podnijeti tvoju briljantnu obranu pred njihovim inkvizitorskim sudom, oni koji su nam zemlju bombardirali i razarali, oni koji danas hoće uništiti Srbiju. Morali su, jer im je od optužnice pred antisrpskim Tribunalom u Hagu protiv tebe ostalo samo mrtvo slovo na papiru - pisalo je.
Na kraju je Šešelj, preko Vučića, pokojnom Miloševiću obećao da će se "protiv haških kriminalaca boriti sa istom žestinom sa kojom je to i on činio, braneći istinu i srpsku otadžbinu..."
- Ne postoji niko tužniji od mene što nisam u mogućnosti da budem u Beogradu i Požarevcu i Tebe, veliki prijatelju, ispratim i pozdravim posljednji put- poručio je Šešelj iz Haaga, a pročitao Vučić pred masom ožalošćenog naroda ispred beogradske Savezne skupštine.