Željko Horvatović, kao sudac Županijskog suda u Zagrebu, 2009. godine osudio je Branimira Glavaša na 10 godina zatvora za ratni zločin. Glavaš je koncem rujna 2010. završio u zatvoru u Sarajevu, gdje je proveo tri mjeseca, a potom prebačen u zatvor u Mostaru. Iako je Glavaš neprestano vikao kako se radi i montiranom procesu, služenje je nastavio do lipnja 2016. godine kada je Vrhovni sud ukinuo Horvatoviću presudu zbog bitnih odredaba kaznenog postupka iz ZKP-a te naložio ponovljeno suđenje sa novim izvođenjem dokaza, po potrebi i prezentiranjem drugih, kako bi se otklonili nedostatci iz ukinute prvostupanjske presude.
- Horvatović je moje suđenje odradio u maniri političkog slugančića, što je nedavno i priznao u interviewu u jednim dnevnim novinama gdje je rekao da mi je sudio po nalogu DORH-a i međunarodnih sila te da je to u tom trenutku bio vrlo delikatan testni predmet koji je trebao dokazati da je hrvatsko pravosuđe sposobno i neovisno u procesuiranju ratnih zločina. Naime, moje se suđenje događalo 2009. godine u vrijeme pristupanja Hrvatske u EU. Dakle, ja sam u tom testnom predmetu bio obični testni 'kunić' kojega je trebalo osuditi kako bi Hrvatska ispunila uvijete za zatvaranje predpristupnih pregovora u poglavlju 23, radi ulaska u EU. Očigledno je dobro odradio posao jer je odmah nakon što me je osudio Horvatović unaprijeđen u šefa Kaznenog odjela Županijskog suda, a danas je, iako potpuno nesposoban, dosegao pravosudne 'svemirske visine' i ustoličen je za predsjednika bivšeg Turudićevog Visokog kaznenog suda. Sada Horvatović ima sve 'moralno-političke' podobnosti kao što ih je kao sudac imao i osamdesetih godina za vrijeme jugokomunizma i očigledno me ne misli ostaviti na miru, kako sam čuo - piše Glavaš na svom Facebook profilu.
Naime, njegovo ponovljeno suđenje koje je započelo u ožujku 2017. godine je prekinuto jer nije bilo zakazane rasprave zadnjih 16 mjeseci i sada sve kreće iz početka. Sada je njegov progon ušao u 17-tu godinu.
- Horvatović nije instaliran za predsjednika VKS zbog svoje stručnosti i profesionalnosti, već je proizvod 'duboke države' (paralelnog sustava) koji svoje partikularne interese i interese svojih gospodara, nama, Hrvatskom narodu, nameću i podmeću kao opće! Horvatović se nada da će me dočekati na VKS-u i da će me kad-tad svojim utjecajem i zlouporabom položaja pravomoćno osuditi na drugom stupnju, a time i zadovoljiti ambicije i želje onih koji su ga izabrali i koji iz sjene utječu na cjelokupni hrvatski pravosudni sustav. Nećeš uspjeti Horvatoviću jer pred nama je 'rat' do istrebljenja. Za početak te upozoravam: makni prste od mog sudskog predmeta! Ne možeš se u njega uopće miješati, čak ni određivati elektronsku dodjelu predmeta drugim sucima jer mi je poznato kako to namještate" napisao je Glavaš poručujući Horvatoviću i da će se uskoro u javnosti saznati tko je i što je sudac Horvatović. "Sudac koji negira obrambeni Domovinski rat i u svojim presudama tvrdi da je u Hrvatskoj vođen građanski rat do 15. siječnja 1992. godine, u normalnim državama svijeta ne bi niti mogao biti sudac! Međutim, u 'slučajnoj državi' kao što je Hrvatska takvi likovi ne samo da su sudci, već su za njih rezervirane i najveće predsjedničke i sudačke dužnosti na VKS-u - konstatirao je Glavaš.