Slovenski su biskupi kritizirali priopćenje komisije Hrvatske biskupske konferencije koja je u pismu izrazila da se protivi potpisivanju sporazuma sa Slovenijom. Slovenski biskupi misle kako nije posao Crkve da rješava granične sporove dvaju država. Mariborski biskup Anton Stres je tako poslao pismo zagrebačkom pomoćnom biskupu Vladi Košiću. On je u pismu napisao kako zahtjeva da međudržavna granica bude pravedna i da ona ubuduće ne bude povod za sukobe.