Samo godinu dana otkako je došao na čelo Katoličke crkve papa Benedikt XVI. morao se suočiti sa velikim skandalom koji je uzdrmao svjetsku javnost i crkvene krugove. Ono što se dugo godina čuvalo izašlo je napokon na vidjelo. Pedofilija među svećenstvom sve je užasnula. Britanski BBC 2006. prozvao je Papu i optužio ga da pokušava zataškati pedofilske afere u Katoličkoj crkvi. Neki svjetski mediji zvali su ga i 'zaštitnikom pedofila'. Nekoliko tjedana kasnije oglasio se i Sveti otac. Tada je prvi put javno osudio pedofiliju i nazvao ju kaznenim djelom. Isprva nije spominjao kakve sankcije slijede svećenike pedofile, ali je istaknuo kako će Crkva učiniti sve da se takve stvari ne ponavljaju. 

Tražio je molitvu na svjetskoj razini za sve žrtve

Benedikt je bio posramljen. Te 2006. godine Papa je zatražio molitvu na svjetskoj razini za žrtve svećenika pedofila. Molitvu na svjetskoj razini za "žrtve teških situacija moralnog i seksualnog ponašanja malog dijela klera", dakle za žrtve svećenika pedofila, najavio je pročelnik Kongregacije za kler kardinal Claudio Hummes. Inicijativa je pokrenuta na prijedlog propovjednika Papinske kuće oca Raniera Cantalamesse, koji je u prosincu 2006., u prisutnosti Benedikta XVI. kazao kako bi Katolička crkva trebala postom i pokorom tražiti oprost za seksualna nasilja u koja su uključeni crkveni predstavnici. Najviše žrtava pedofilije pobrojano je u SAD-u te u Irskoj. Prije tri godine dok je letio u Ameriku Papa je odlučio da će sve pedofile isključiti iz svećenstva. 

- Moramo se pitati što je bilo pogrešno u našem načinu stvaranja kršćanina. Moramo biti sposobni za pokoru. Moramo učiniti sve u pripremanju svećenika da se takvi slučajevi više ne ponove - rekao je Benedikt XVI. 

Papa je pozvao Crkvu da se zapita gdje je pogriješila i kako "obrazovati svećenike da ne ponove takav grijeh i zločin".

Javno se ispričao u svom pastoralnom pismu

U 2010. godini uslijedila je javna isprika žrtvama u Irskoj. U pastoralnom pismu priznao je osjećaj izdaje koji osjećaju žrtve i njihove obitelji od strane Crkve. Obraćajući se žrtvama u pismu, Papa je napisao "Ozbiljno ste patili i zbog toga mi je iskreno žao", a dodao je da će krivci za zlostavljanje morati odgovarati pred Bogom i sudovima za grešne i kriminalne postupke. 

- U molitvama sam uz cijelu irsku katoličku zajednicu u ovom vremenu punom gorčine - poručio je Benedikt XVI. 

Sveti otac smatra kako je jedan od razloga pedofilije nedovoljno moralno obrazovanje u sjemeništima. U ožujku 2010. najavio je kako će pokrenuti službenu istragu kako bi utvrdio koji su svećenici sudjelovali u nedavno otkrivenim seksualnim zlostavljanjima. Papa ipak u pismu nije pozvao biskupe da daju ostavke. Irska skupina koja zastupa žrtve zlostavljanja objavila je tada kako su duboko razočarani pismom.