Dugo je trajala rasprava o njegovoj krivnji ili nevinosti. Slučaj je odlazio s jedne adrese na drugu, a na kraju se s Contadorom pozabavio CAS koji je donio odluku o dvogodišnjoj suspenziji. Time su Španjolcu izbrisani svi rezultati u proteklih godinu i po dana. Oduzeta mu je tako pobjeda na Tour de Franceu 2010. godine, kao i ona na Giro d'Italiji 2011. godine. Inače, Contador je tek drugi biciklist u povijesti (nakon Amerikanca Floyda Landisa) koji je izgubio zarađenu titulu na Touru zbog kasnijeg doping-skandala.

Cijeli slučaj je, dakle, pokrenut nakon Toura 2010. godine. A i B krvni uzorci su pokazali da je Contador koristio nedozvoljeno sredstvo - klenbuterol. Contador se branio da ga je unio u sebe i ne znajući, što je moguće pokazivala i mala količina te nedozvoljene supstance u njegovom tijelu.

Prvotno su Međunarodna antidopinška agencija (WADA) i Međunarodna biciklistička federacija (UCI) tražili Contadorovu suspenziju, ali su iz njegova matičnoga, Španjolskog biciklističkog saveza, Contadora odriješili krivnje. Slučaj je tako morao otići sve do Međunarodnog suda za sportsku arbitražu, a oni su u utorak objavili da je Španjolac kriv i da kazna iznosi dvije godine.

Contadoru tako ostaju prethodni naslovi na Touru (2007. i 2009.), na Giru (2008.) i Vuelti (2008.).