Preuzeo je Rudeš 7. lipnja 2016. i osvojio Drugu HNL u svojoj prvoj trenerskoj sezoni. Zatim je sjeo na klupu slovenske Olimpije 2. lipnja 2017. i u prvoj sezoni osvojio duplu krunu. A onda je preuzeo Rijeku 9. listopada 2018. i u debitantskoj sezoni kao trener u HNL-u osvojio Kup. Dovoljno je reći - Igor Bišćan.
Definitivno je strateg Rijeke čovjek za trofeje. Tek mu je 41 godina, a već u svojoj riznici ima četiri trofeja. S Rudešom je osvojio 60 bodova u sezoni 16/17 i sa 3 boda više od Gorice ušao u prvu ligu. Tada je zasjeo na klupu slovenske Olimpije i u trileru osvojio ligu s jednakim brojem bodova kao Maribor (80), ali s boljim međusobnim omjerom.
Za duplu krunu su njegovi nogometaši razbili i Aluminij rezultatom 6-1, a povratak u Hrvatsku dogodio se nakon odlaska Matjaža Keka s Rijekine klupe. Pokazao je svima kako hrvatski viceprvaci nisu pogriješili njegovim dovođenjem. Imao je velikih problema s rosterom, Armada mu nije dala podršku, ali on je uspio naći pravo rješenje za riječku renesansu. Izvukao je Lepinjicu i Smolčiće iz juniora, preporodio Puljića i Murića, a od Kvržića i Sluge izvukao najbolje.
S Rijekom je potpisao ugovor sve do 2022. godine, a svojim bi uspjesima mogao i prije završetka ugovora napustiti Rujevicu. Pokazao je da zna i može, njegova je trenerska karijera doživjela rapidni uspon, a očekivanja će biti sve veća. Pa tko zna, možda baš Bišćan s Rijekom ovaj nadolazeće sezone napravi nešto više i u Europi...