Claptonova mama bila je Patricia Molly Clapton. Sa 16 godina rodila je Erica koji je odrastao u najveću rock zvijezdu. Otac Eric Claptona bio je kanadskog porijekla, vojnik iz Drugog svjetskog rata koji je služio u Velikoj Britaniji. Ime mu je bilo Edward Walter Fryer i imao je 24 godine kad je upoznao Patriciju.
Kako bi zaradio dodatni novac Freyer je svirao klavir i pjevao po raznim pubovima oko mjesta gdje je služio vojsku. Dok je bio u Surreyu, nastupao je u jednom lokalnom pubu i tamo je upoznao i Patriciju.
Clapton se rodio 30. ožujka 1945 u mjestu Ripley u Surreyu. Nikad nije uzeo očevo prezime.
Tada su djeca koja su bila rođena izvan braka bila poprilično stigmatizirana od društva. Budući da je Patricia bila premlada, u obitelji su se dogovorili da Ericu kažu da je on dijete roditelja njegove mame, te da su on i Patricia samo brat i sestra.
Clapton je dobio prezime od Patricijinog oca, Reginalda Cecila Claptona. On se kasnije razveo od Patricijine mame koja se na kraju udala za drugog muškarca, Jacka Clappa.
Kad se Patricia vratila kući u Englesku, Eric je imao devet godina, a Rose Clapp, njegova baka, je otkrila Ericu obiteljsku tajnu. Rekla mu je da je Patricia za koju je on mislio da mu je sestra zapravo mama.
Takvo saznanje bilo je za mladog Erica jako zbunjujuće. Možda ga je to i potaklo da utočište pronađe u glazbi, svirajući gitaru.
- Moja mama i ja nismo se baš slagali dobro. Naše najbolje vrijeme bilo je kad smo već odrasli i kad smo zajedno pili. Volio sam je, ali bila je teška žena - tako je jednom Eric prokomentirao svoj odnos s mamom.
Svog biološkog oca Clapton nije ima prilike osobno upoznati. Edward Fryer preminuo je 1985. od leukemije. Nekoliko godina kasnije saznao je da mu je on pravi otac, piše The Vintage News.