Genetski modificirani materijal zagadio je autohtoni kukuruz u južnome Meksiku, stoji u članku objavljenom 2001. godine u znanstvenom časopisu Nature. U kukuruzu u južnoj državi Oaxaca, gdje se žitarica uzgaja nekoliko tisuća godina, pronašli su biotehnički materijal. Godine 2005. u članku iz časopisa Proceedings Nacionalne akademije znanosti stoji kako ipak nema dokaza o genetskom zagađenju. No danas biolog Exequiel Ezcurra kaže kako su dokazali prisutnost gena 35S Promotor, koji se koristi u genetski modificiranih usjeva za jačanje otpornosti na bolesti. Prema nekim studijama, zagađenost varira ovisno o lokaciji, ali ostaje pitanje odakle dolazi genetsko zagađenje i kako se širi. Znanstvenica Elena Alvarez Buylla sumnja da bi vrsta hibridnog kukuruza koji dijeli meksička vlada mogla biti zagađena.