Markovićevu karijeru za vrijeme predsjedanja Hrvatskim nogometnim savezom pratile su brojne kontroverze. Mnogi mu zamjeraju nikad izgrađeni kamp hrvatske nogometne reprezentacije u Tuhelju, kao i fijasko u kandidaturi za domaćin Europskog prvenstva 2012. godine, u kojoj Hrvatska, unatoč obećanjima, nije dobila niti jedan glas.
Također, bio je na meti kritika što nije smatrao da je odgovoran za katastrofalno stanje u domaćem nogometu - namještanjem utakmica i potkupljivanjem sudaca što je eskaliralo akcijom 'Offside', uhićenjem vodećih sudačkih dužnosnika Željka Širića i Stjepana Djedovića.
Jedna od najvećih farsa domaćeg nogometa dogodila se na Skupštini HNS-a u listopadu 2012. godine, kada je Marković dobio treći mandat nakon nelegalnog glasa predstavnika dubrovačko-neretvanskog saveza Mate Previšića, zbog čega je Igor Štimac zakinut za mjesto predsjednika Saveza. Sadašnji izbornik dobio je malu zadovoljštinu nakon što je 2,5 godine kasnije Upravni sud u Splitu poništio Markovićev izbor.
Marković je bio poznat po tome što nije imao dlake na jeziku pa se često vulgarno odnosio prema novinarima i ministru sporta Željku Jovanoviću, ali i prema homoseksualcima, za koje je smatrao da im nije mjesto u nogometu. Zbog homofobne izjave proglašen je krivim te se morao ispričati.