Gotovina je od podizanja optužnice do uhićenja bio u bijegu na nepoznatom prebivalištu. Nakon višegodišnjeg skrivanja, uhićen je 7. prosinca 2005. godine
Ante Gotovina uhićen je prije točno 12 godina na Kanarima
Međunarodni sud za ratne zločine na području bivše Jugoslavije u Haagu podigao je 2001. optužnicu protiv Ante Gotovine , optužujući ga za planiranje etničkoga čišćenja i ratne zločine. Gotovina je odbio primiti optužnicu te je od podizanja optužnice do uhićenja bio u bijegu na nepoznatom prebivalištu. Nakon višegodišnjeg skrivanja, uhićen je na Kanarskim otocima (Španjolska), 7. prosinca 2005. godine.
Uhićenje Ante Gotovine postala je glavna vijest u svjetskim medijima, a priopćila ju je tadašnja glavna haška tužiteljica Carla del Ponte. "Imam vrlo dobre vijesti. Ante Gotovina je tijekom prošle noći uhićen u Španjolskoj", rekla je del Ponte i dodala kako su ga konačno uspjeli pronaći.
Suđenje Anti Gotovini, Mladenu Markaču i Ivanu Čermaku počelo je 11. ožujka 2008. godine . Na svojim prvim pojavljivanjima pred Haškim sudom izjasnili su da se ne osjećaju krivima.
Haški sud je nepravomoćnom odlukom u prvostupanjskom procesu 15. travnja 2011. proglasio krivim Antu Gotovinu kao sudionika udruženog zločinačkog pothvata, krivim za djela progona, deportacije, pljačke, razaranja, ubojstva, nečovječna djela i okrutno postupanje, a sud ga je oslobodio odgovornosti za prisilno premještanje. Određena mu je kazna od 24 godine zatvora . Dana 16. studenog 2012. general Gotovina je drugostupanjskom (pravomoćnom) presudom oslobođen optužbi i pušten na slobodu.